Ich würde sehen, ob die Datei in das CSV-Format konvertiert werden könnte. Der Import in eine MySQL-Tabelle geht viel schneller, da das XML nicht verarbeitet wird. Sie müssen nur darauf achten, welche Datentypen für jede Spalte eingegeben werden.
Wenn der Kunde es Ihnen nicht in CSV geben kann und dies ein einmaliger Upload ist, versuchen Sie es selbst mit MS Excel/Libre Calc/OpenOffice Calc zu konvertieren.