Nun, $company->employees gibt eine Sammlung zurück, ->id ist keine Eigenschaft in der Sammlung, deshalb erhalten Sie den Fehler.
Wenn Sie ein Array abrufen möchten, das alle IDs Ihrer Mitarbeiter enthält, können Sie Folgendes tun:
$company->employees()->lists('id');
Wenn Sie dies lesen und Laravel ^5.3.* verwenden dann wäre die Antwort:
$company->employees()->pluck('id');
Dies würde eine Sammlung mit allen IDs zurückgeben, wenn Sie möchten, dass es ein Array ist, können Sie ->toArray() verketten dahinter.