Das Ausführen einer MySQL-Abfrage von phpmyadmin hat nur 1 Datensatz geändert. Versucht ssh aber das gleiche Problem

Ihrer SELECT-Abfrage fehlt eine GROUP BY-Klausel. Wahrscheinlich meinst du:

INSERT INTO appfilter2 
SELECT userapps.name, GROUP_CONCAT(CONCAT(userapps.activity, '/',userapps.class)) AS activity 
FROM userapps
GROUP BY userapps.name