Ich kenne den Grad von reinem Python nicht Sie für die Kopie verwenden möchten, aber Sie können einfach die gesamte Pipe-Operation an die Shell delegieren.
subprocess.Popen('mysqldump -h localhost -P 3306 -u -root mydb | mysql -h localhost -P 3306 -u root mydb2', shell=True)
Dies sollte genauso funktionieren, wie es funktioniert, wenn Sie es auf der Shell ausführen.