Aus der Dokumentation :
Für InnoDB-Tabellen wird OPTIMIZE TABLE ALTER TABLE zugeordnet, wodurch die Tabelle neu erstellt wird, um Indexstatistiken zu aktualisieren und ungenutzten Speicherplatz im Clustered-Index freizugeben. Beginnend mit MySQL 5.1.27 wird dies in der Ausgabe von OPTIMIZE TABLE angezeigt, wenn Sie es auf einer InnoDB-Tabelle ausführen, wie hier gezeigt:
mysql> OPTIMIZE TABLE foo;
+----------+----------+----------+-----------------------------------------------------------
| Table | Op | Msg_type | Msg_text
+----------+----------+----------+-----------------------------------------------------------
| test.foo | optimize | note | Table does not support optimize, doing recreate + analyze ...
| test.foo | optimize | status | OK
+----------+----------+----------+-----------------------------------------------------------
Sie können OPTIMIZE TABLE auf anderen Speicher-Engines zum Laufen bringen, indem Sie mysqld mit der Option --skip-new oder --safe-mode starten. In diesem Fall wird OPTIMIZE TABLE einfach ALTER TABLE zugeordnet.