Das Problem kam von mysql mit /var/tmp als tmpdir, das nicht groß genug ist, um die Tabelle zu kopieren und die erforderlichen Indizes zu erstellen. Ich habe es behoben, indem ich den Speicherort von tmpdir an einen Ort geändert habe, der mehr Platz enthält.
Zuerst habe ich das Verzeichnis /home/mysql/tmp
erstellt mkdir /home/mysql/tmp
dann habe ich den Besitzer dieses Verzeichnisses in mysql:mysql
geändert chown mysql:mysql /home/mysql/tmp
dann habe ich den mysql server gestoppt
service mysql stop
dann wieder mit folgendem Befehl gestartet:
service mysql start --tmpdir=/home/mysql/tmp
