Du bist so nah! Denken Sie daran, dass Ihr äußerster "Inhalt" selbst ein Array ist. Die folgende 2-Zeichen-Änderung funktioniert also, verwenden Sie content.$.assets innerhalb des Werts für $pull.
db.presentations.update(
{'content.assets._id': ObjectId('4fc63def5b20fb722900010e')},
{$pull: {'content.$.assets': {'_id': ObjectId('4fc63def5b20fb722900010e')}}}
)
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