Die vorherigen Antworten funktionieren in MongoDB 3.4+ nicht. Der richtige Weg, dies in Version 3.4 und höher zu tun, besteht darin, ein BasicDBObject zu erstellen und es als Parameter von Database.runCommand() zu verwenden. Hier ist ein Beispiel.
final BasicDBObject command = new BasicDBObject();
command.put("eval", String.format("function() { %s return;}}, {entity_id : 1, value : 1, type : 1}).forEach(someFun); }", code));
Document result = database.runCommand(command);