mongoose.Types.ObjectId ist die ObjectId Konstruktorfunktion, was Sie in Schemadefinitionen verwenden möchten, ist mongoose.Schema.Types.ObjectId (oder mongoose.Schema.ObjectId ).
Also deviceSchema sollte stattdessen so aussehen:
var deviceSchema = schema({
name : String,
type : String,
room: {type: mongoose.Schema.Types.ObjectId, ref: 'Room'},
users: [{type:mongoose.Schema.Types.ObjectId, ref: 'User'}]
});