Dies ist die Abfrage, die Sie verwenden müssen:
db.collection.update( { "Queries.Results.id":1 }, { $pull: { "Queries.$.Results": {"id":1} } } )
Sie müssen die "where"-Klausel angeben, um das zu aktualisierende Dokument zu finden. Ihnen fehlt auch der Positionsoperator $, Sie müssen ihn verwenden, da Abfragen mehrere Ergebnisse haben können.