Vielleicht sollten Sie "$set" in Ihrer Aktualisierungsabfrage wie folgt verwenden:
{$set: {"name": req.body.name}}, // Update
Weitere Informationen in der Dokumentation
BEARBEITEN
Wenn es nicht funktioniert, liegt das wahrscheinlich daran, dass es keine Übereinstimmung mit Ihrem Filter gibt.
Vielleicht sollten Sie versuchen, mit einer ObjectId wie dieser abzugleichen:
var ObjectID = require('mongodb').ObjectID;
// In your request
{ "_id": ObjectID(req.body._id)}, // Filter
Hoffe es hilft.