Kurze Antwort - nein, es ist sicher möglich, aber nicht sinnvoll.
MongoDB ist eine Dokumentendatenbank und unterstützt keine physischen Beziehungen zwischen Sammlungen. EF eignet sich gut für relationale Datenbanken wie SQL, MySQL usw. MongoDB arbeitet schneller mit eingebetteten Dokumenten. Es sind also nur zwei unterschiedliche Ansätze.
