Ein schnelles grep des Quellbaums scheint darauf hinzudeuten, dass eindeutige Indizes nur beim Einfügen verwendet werden, daher sollte es keinen Leistungsvorteil oder -nachteil zwischen einer Abfrage geben, die ein Dokument zurückgibt, unabhängig davon, ob der Index eindeutig ist oder nicht.
MongoDB-Indizes werden als Btrees implementiert, daher würde es keinen logischen Sinn ergeben, dass sie sich unterschiedlich verhalten, unabhängig davon, ob der Index eindeutig ist oder nicht.