Möglich, zwei Ebenen zu füllen?

Sie müssen es in zwei Schritten tun; erste füllende survey , und füllen Sie dann survey.user aus mit einem separaten Aufruf von Model.populate :

questions.findOne({_id: '0000'})
    .populate('survey')
    .exec(function(err, question) {
        questions.populate(
            question,
            { path: 'survey.user', model: 'User'},
            function(err, question) {...});
    });