Es scheint, dass MongooseArray#pull
Methode funktioniert nur, wenn Ihre Elemente _id
haben Eigenschaften.
Ich finde es einfacher, direkte Aufrufe von update
zu verwenden um solche Überraschungen zu vermeiden:
mongoose.model('organization').update(
{_id: user.organization},
{$pull: {members: {user: user._id}}},
function(err, numAffected) { ... }
);