Die Konvention, die ich verwende und die ich in den meisten Open-Source-Projekten (einschließlich Spring et al.) gesehen habe, besteht darin, alle Nicht-Java-Dateien in einem Ressourcenverzeichnis unter einem beschreibenden Verzeichnis abzulegen:
module-root/
src/
main/
java/
(Java sources go here)
resources/
log4j.xml
spring/ (spring xmls go here)
sql/ (sql scripts go here)
mongo/ (<-- seems like a good place for mongoDB functions)
test/
unit/
java/ (unit test java sources go here)
resources/ (unit test specific resources - usually none)
integration/
java/ (integration test java sources go here)
resources/
spring/ (usually an ITestAssembly.xml goes here)
Die Build-Datei packt dann die Ressourcen in ein Ressourcen-JAR, das zusammen mit allen anderen JARs bereitgestellt wird.