Weil diese Abfrage das Dokument in der Shell findet:
db.getCollection('stories').find({_id:'572f16439c0d3ffe0bc084a4'})
Das bedeutet, dass der Typ _id im Dokument ist eigentlich ein String, keine ObjectId wie Mongoose es erwartet.
Um dieses Dokument mit Mongoose zu finden, müssten Sie _id definieren im Schema für Story als:
_id: { type: String }
