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MongoDB + Web App:Datenbank pro Benutzer

Ja, eine einzelne Sammlung ist besser, auf diese Weise können Sie die Indizierung zu Ihrem Vorteil nutzen.

Das Iterieren über eine Liste von Datenbanken oder Sammlungen wird immer O(N) Zeit in Anspruch nehmen, während Sie O(log N) Zeit erreichen könnten, um einzelne Dokumente mithilfe von Indizes zu finden.