Unter Linux könnten Sie das iconv
verwenden Befehl wie vorgeschlagen in: So entfernen Sie Nicht-UTF-8-Zeichen aus einer Textdatei
iconv -f utf8 -t utf8 -c file.txt
Ich bin mit MongoDB nicht vertraut, daher habe ich keine Ahnung, wie die ungültigen Zeichen während des Imports beibehalten werden.