Letztendlich bist du am Arsch. Es gibt keine Möglichkeit (in mongodb) zur Garantie Datenintegrität in einem solchen Szenario, da es im Allgemeinen an Beziehungen und insbesondere an Fremdschlüsseln fehlt. Und es macht wenig Sinn, Prüfungen auf Anwendungsebene zu erstellen. Egal wie aufwändig sie sind, sie können trotzdem fehlschlagen (daher "keine Garantie").
Also heißt es entweder einbetten (damit zusammenhängende Daten immer direkt im Dokument vorhanden sind) oder die Hoffnung auf konsistente Daten aufgeben.
