Erstellen Sie Ihr update Objekt programmgesteuert, um 'contact.phone' nicht einzuschließen wenn nicht angegeben:
var update = {
name : venue.name
};
if (venue.contact.formattedPhone) {
update['contact.phone'] = venue.contact.formattedPhone;
}
Venue.update({_id : venue.id}, update, {upsert: true, safe:false}).exec();