Es hängt davon ab, welche Art von Updates Sie vornehmen. Wenn diese Updates Ihr Dokument vergrößern (Array-Push oder ähnliches), dann ja, Sie werden eine gewisse Fragmentierung haben. In-Place-Updates ($inc) bewirken kein Verschieben des Dokuments (keine Fragmentierung).
Übrigens ist es keine Fragmentierung an sich, sondern eher eine Platzverschwendung. Das heißt, wenn das Dokument an einen neuen Speicherort verschoben wird, wird sein alter Speicherort nicht wiederverwendet.
