Ich würde eine Erklärung machen, damit Sie sehen können, was mysql tut. Dies würde einen guten Hinweis darauf geben, wie viele Zeilen verwendet werden.
EXPLAIN SELECT * FROM likes LEFT OUTER JOIN uploads on likes.upload_id = uploads.upload_id WHERE uploads.upload_id IS NULL
Sie können auch einen anderen Browser oder eine andere Sitzung verwenden, um mit show processlist zu sehen, wie die Abfrage ausgeführt wird.