Nun, das hat nichts mit Kohana zu tun. Ich würde Ihnen empfehlen, dies nicht über PHP zu tun, da Sie dann Speicher- und Zeitbeschränkungen haben. Verwenden Sie nach Möglichkeit das Terminal.
mysql -u [username] -p [password] [database name] < [filename.sql]
Ersetzen von [value]
mit ihren jeweiligen Werten.