SQL Server-Datenbanken verwenden zwei Dateien – eine MDF-Datei, bekannt als primäre Datenbankdatei, die das Schema und die Daten enthält, und eine LDF-Datei, die die Protokolle enthält. Siehe Wikipedia. Eine Datenbank kann auch eine sekundäre Datenbankdatei verwenden, die normalerweise eine .ndf-Erweiterung verwendet.
Wie John S. andeutet, sind diese Dateierweiterungen reine Konvention – Sie können verwenden, was Sie wollen, obwohl ich mir keinen guten Grund dafür vorstellen kann.
Weitere Informationen zu MSDN finden Sie hier und in Beginn der SQL Server 2005-Verwaltung (Google Books) hier.