Der RODBC-Treiber scheint zu glauben, dass die gesamte Anweisung abgeschlossen ist, wenn SQL Server eine beliebige Anzahl von Zeilen zurückgibt. Sie müssen also nocount am Anfang Ihrer aufgerufenen Anweisung oder Stored Procedure setzen.
set nocount on
Dadurch konnte ich eine gespeicherte Prozedur verwenden, die eine temporäre Tabelle in R verwendet.