Sie könnten alle Konfigurationsdateien in die Installation aufnehmen und dann einfach über eine Umgebungsvariable auf die richtige verweisen. Ich weiß, dass Sie die Konfigurationsdatei basierend auf der Lösungs-Build-Konfiguration ändern möchten, aber Sie werden eine komplexe Lösung suchen, wenn es eine einfachere Alternative gibt.
Es ist ganz einfach, während der Paketinstallation Registrierungsinformationen hinzuzufügen, die die Umgebungsvariable des Computers unter dem Schlüssel setzen:
HKLM\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Session Manager\Environment\MyVariable
...in den Pfad der .dtsConfig für die aktuelle Umgebung.