Das Problem liegt wahrscheinlich in einer Zeitüberschreitung der Verbindung zum SQL Server - die Standardzeitüberschreitung für Verbindungen und Befehle beträgt 30 Sekunden.
Sie können entweder das Timeout erhöhen (in der Verbindungszeichenfolge und im Code) oder die Aktualisierungen in Blöcke aufteilen.