Neue Versionen von MySQL WorkBench haben eine Option, um bestimmte Timeouts zu ändern.
Bei mir war es unter Bearbeiten → Einstellungen → SQL Editor → Zeitüberschreitung beim Lesen der DBMS-Verbindung (in Sekunden):600
Wert auf 6000 geändert.
Auch ungeprüfte Begrenzungszeilen, da jedes Mal, wenn ich den gesamten Datensatz durchsuchen möchte, eine Begrenzung gesetzt wird, wird ermüdend.