Sie haben möglicherweise keine Verknüpfungen in einer solchen HQL-Abfrage. Zitat aus der Referenzdokumentation :
Ich denke, so etwas sollte funktionieren:
delete from Feature F where F.id in
(select f2.id from Feature f2 where f2.featuresMetadata.stateGeoId = :stateGeoId)
