SET GLOBAL max_allowed_packet funktioniert nicht

Hmmmm.. Sie haben diesen NOT-A-BUG getroffen es scheint. :)

Siehe hier zu. Lesen Sie die Erklärung von Shane Bester.

Sie sollten von der Datei my.ini/my.cnf wechseln und den Server neu starten, damit die Einstellung max_allowed_packet wirksam wird.