Die Lösung war am Ende einfach.
Export aus MySQL 5.5. (Exportdatei ist 114 GB groß)
Deinstallieren Sie MySQL 5.5 (entfernen Sie alle Datendateien)
Installieren Sie MySQL 5.6
Daten importieren
Export aus MySQL 5.6 (Exportdatei ist jetzt 13 GB groß)
Deinstallieren Sie MySQL 5.6 (entfernen Sie alle Datendateien)
Installieren Sie MySQL 5.6
Daten importieren