Ich sehe, diese Frage ist relativ alt, aber nur für den Fall:
eCryptfs kann als Dateisystem betrachtet werden, also sollten Sie es nur mounten müssen und dann auf Ihr MySQL datadir
in das gemountete Verzeichnis. Der einzige Nachteil ist, dass es O_DIRECT nicht zu unterstützen scheint, aber ich glaube nicht, dass MySQL es verwendet, oder?