Es treten Zeitüberschreitungsprobleme und zu viele Verbindungen auf. Versuchen Sie, Ihr wait_timeout und vielleicht das interactive_timeout zu verringern.
Ich weiß nicht, ob Sie PDO verwenden (empfohlen von allen Beiträgen, die ich hier gesehen habe), aber versuchen Sie, die MySQL-Verbindung dauerhaft zu machen, damit sie nicht für jedes Update neue Verbindungen öffnen muss.