Das 'ALTER TABLE'-Bit muss zuerst kommen, und dann muss jeder Teil durch ein Komma getrennt werden:
ALTER TABLE gitags_items
DROP PRIMARY KEY,
ADD COLUMN id INT NOT NULL AUTO_INCREMENT FIRST,
ADD PRIMARY KEY (id,component,tag_id,item_id);
aber ich bin mir nicht sicher, ob Sie einen Primärschlüssel in derselben Anweisung löschen und erstellen können.