site.cfg im selben Verzeichnis wie setup.py hat nach dem falschen Registrierungsschlüssel gesucht, am Ende der Datei steht
# The Windows registry key for MySQL.
# This has to be set for Windows builds to work.
# Only change this if you have a different version.
registry_key = SOFTWARE\MySQL AB\MySQL Server 5.0
Ich tauchte in die Registrierung ein und fand HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\MySQL AB\ und sah, dass ich stattdessen 5.1 hatte,
Melde jetzt einen weiteren Fehler, aber diese Frage ist zumindest gelöst;)