Wenn Sie diese Sicherheitsmaßnahme implementieren müssen, würde ich einen verschlüsselten SSH-Tunnel einrichten. Auf dem Webserver:
ssh -L 3306:localhost:3306 -N [email protected]
Stellen Sie dann in Ihrer Web-App eine Verbindung zu MySQL auf 127.0.0.1 her, und es wird über einen verschlüsselten SSH-Tunnel an den Remote-MySQL-Server weitergeleitet.