Das Problem hier war am Ende ein paar Dinge. Wie abarnert in den Kommentaren zu der Frage betonte, gab es eine Vermischung des Systems python und des virtualenv python. Um dies zu beheben, musste ich die Projekteigenschaften des PyDev-Projekts so ändern, dass sie nur auf die virtualenv-Python-Instanz zeigen, dann musste ich in den PyDev-Interpreter-Einstellungen den PYTHONPATH neu erstellen.
Nachdem dies erledigt war, musste ich in der virtuellen Umgebung den folgenden Code ausführen:
pip uninstall mysql-python
pip install mysql-python==1.2.5
Dadurch wurden alle Probleme gelöst.
