Versuchen Sie Folgendes:
UPDATE table1
INNER JOIN table2 USING (customer_id)
SET table1.customer_id = 999, table2.customer_id = 999
WHERE table1.customer_id = 3
Ich habe es noch nie mit einer solchen Aktualisierung der Schlüsselspalten versucht, aber das würde für andere Spalten funktionieren, also einen Versuch wert.