Ich versuche es hier nur (nicht 100 % sicher), aber haben Sie versucht, die Zielspalten wie folgt hinzuzufügen:
mysql_query("LOAD DATA LOCAL INFILE '".$_FILES['my_file']['tmp_name']."'
INTO TABLE table_tracking FIELDS TERMINATED BY ','
OPTIONALLY ENCLOSED BY '\"'
LINES TERMINATED BY '\n'
(tracking_number,order_id)");
Sie haben drei Spalten in Ihrer Tabelle und stellen nur zwei Daten bereit.