select ref, count(distinct id) from table group by ref;
Dadurch erhalten Sie eine Anzahl eindeutiger IDs nach Ref.
select ref, count(*) from table group by ref;
Dadurch erhalten Sie die Anzahl der Datensätze nach Referenz.
BEARBEITEN:
Probieren Sie dies aus, um die gewünschte Ausgabe zu erhalten.
select t.*, m.counter
from table t
join (
select ref, count(distinct id) as counter
from table group by ref
) m on t.ref = m.ref
Beispiel für SQLFiddle:http://sqlfiddle.com/#!9/2b93c/2