Anstatt alle Felder mit "SELECT *" auszuwählen, sollten Sie jedes benötigte Feld explizit benennen und bei Bedarf mit AS aliasen. Zum Beispiel:
SELECT si.field1 as si_field1,
si.field2 as si_field2,
ind_data.field1 as ind_data_field1
FROM sites_indexed as si
LEFT JOIN individual_data as ind_data
ON si.id = ind_data.site_id
WHERE `url` LIKE :url
Und dann können Sie in Ihrer Ergebnismenge auf die Alias-Namen verweisen.