Sie befinden sich wahrscheinlich nicht im richtigen Verzeichnis, wenn Sie den Anruf tätigen.
Gehen Sie dorthin:
cd "C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 4.1\bin"
oder geben Sie den absoluten Pfad der Eingabedatei an:
mysql -h localhost -u root -p [database name] < "C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 4.1\bin"