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MySQL Select from category in Tabelle y, wobei Count (des Produkts der Kategorie aus einer anderen Tabelle) größer als Null ist

Sie können EXISTS verwenden :

SELECT category, categoryID 
FROM categories AS c
WHERE EXISTS (SELECT 1 
              FROM products AS p
              WHERE p.categoryID  = c.categoryID )

oder ein INNER JOIN :

SELECT DISTINCT category, categoryID 
FROM categories AS c
INNER JOIN products AS p ON p.categoryID  = c.categoryID

oder IN Betreiber:

SELECT category, categoryID 
FROM categories 
WHERE categoryID IN (SELECT categoryID FROM products)