Sie können die Aggregation hier verwenden:
SELECT job_id
FROM skill_usage
WHERE skill_id IN (3, 4)
GROUP BY job_id
HAVING MIN(skill_id) <> MAX(skill_id);
Diese Abfrage sollte von folgendem Index profitieren:
CREATE INDEX idx ON skill_usage (skill_id, job_id);
Sowohl das WHERE
und HAVING
Klauseln, wie geschrieben, sind sargable , und sollte in der Lage sein, diesen Index zu nutzen.