Falls jemand anderes auf diesen Fehler stößt. Es ist ein Problem mit pyenv. Auch nach
sudo apt-get install python3-gdbm
Die Bibliothek wird im System installiert, aber nicht in der pyenv. Also die hier beschriebene Lösung:
GDBM funktioniert nicht mit Python 3.6 und Anaconda
Die Schritte sind die gleichen für pyenv.
