Herausgefunden, was das Problem war. In der MongoEngine "connect" Methode, das replicaSet Parameter wie folgt angegeben werden:
connect(db = "my_db", replicaSet = "my_replica_set_name", host = "hostname", port = "port_number")
Die Syntax der Leseeinstellung ist wie oben angegeben korrekt. Übergabe des replicaSet Parameter hat es funktioniert.