Versuchen Sie:
db.XXX.find({ "_id.module" : "B" });
Der Unterschied besteht darin, dass Ihre ursprüngliche Abfrage versuchen würde, das gesamte Unterdokument abzugleichen (d. h. wobei _id ein Unterdokument ist, das ein „Modul“-Feld mit dem Wert „B“ und sonst nichts enthält)
Referenz:MongoDB-Punktnotation