Ich hatte das gleiche Problem mit Mongo 3.0.0 und 3.1.9 mit einer relativ kleinen Datenbank (12 GB).
Nachdem ich ungefähr 4 Stunden Zeit damit verschwendet hatte, fand ich eine Problemumgehung mit hidden Parameter
mongorestore --batchSize=10
wobei die Anzahl je nach Art Ihrer Daten variiert. Beginnen Sie mit 1000.