Zusätzlich zu Gregors Antwort verhindert die Verwendung von Guids derzeit die Verwendung des neuen Aggregation Framework, da es als binärer Typ dargestellt wird. Unabhängig davon können Sie auf einfachere Weise tun, was Sie wollen. Dadurch übernimmt die bson-Bibliothek von mongodb die Konvertierungen für Sie.
public class MyClass
{
[BsonRepresentation(BsonType.String)]
public Guid Id { get; set;}
}